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α多样性

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α多样性主要关注局域均匀生境下的物种数目,因此也被称为生境内的多样性(within-habitat diversity)

多样性指数及计算公式如下:(Hill et al., 2003)

(1).克隆文库覆盖率(C):

n为克隆文库中仅一个序列的OTU数,N为单文库中的OTU数。

(2).辛普森指数(D):

1-

N为单个文库中序列数,ni为第i种汽晚少OTU中包含的序列数,n为单文库中序列数。

(3).香农指数(H):

Pi为第i种OTU中序列数在单文库序列总数弃试姜狼中的比例,n为单文库中OUT个数。

(4).均厚煮辨匀度指数(E):

H为香农指数,S为凶习击灶单文库蒸讲求中总序列背主良数。

(5).丰富度指数(Schao1):

Sobs为单文库中OTU个立白数,F1 和F2分别为克隆文库中只包含1个和2个序列的OTU个数。